潜行者2的地图非常庞大，地图规模超过六十平方公里，光是可探索的区域就有二十二处。这些区域并非玩家一开始就能直接前往的，需要先完成主线，直至通关小变异区才能解锁真正自由的开放大地图。而在这其中，完成任务就是最早熟悉游戏的方式。任务分为主线与支线，主线顾名思义，它在地图上以橙色标志告知玩家目标区域。
游戏中主线的分支非常多，不同的选择都会导向不同的结局，就目前的流程来看，已经至少有三种结局。不过固然主线做的用心，选错了的情况肯定比比皆是。玩家在过程中如果不小心击杀了关键人物，可以通过回档重新抉择。
需要注意的是，潜行者2并没有新游戏加的机制，游戏全程就只有一周目。当游戏来到尾声时，会提示玩家进入终章，推荐在此时手动存档。随后的支线任务，主要代表地区与派系之间的故事。它们有一些需要做抉择，不同的抉择也会获得完全不同的奖励，其中不乏有优质的武器与装备道具。
比如一些任务在了解了全貌后，一枪崩掉黑心老板，既获得了奖励也没有失去道具。总体算得上玩法比较丰富，选择相对自由的任务体系。常规的任务做完，玩家可能也会看到一些独特的地区。比如罂粟花田或者龙卷风这类怪异图标地区，它们都属于怪异道具的获取地点。
在营地中可以解锁交易的商人、技师、医疗师与向导。商人顾名思义，主要用来贩卖玩家拾取的装备与道具。不过需要注意，武器的磨损度会影响售卖的价格，商人最低也只会回收黄色损耗的武器，红色损耗的建议就不要拾取了。
同时，个人也不太推荐购买前期商人的物品。在解锁了大地图后，玩家可以自行找到其它营地的商人，它们贩卖的武器道具更加优秀。合理选择，也会对游戏体验产生重大影响。
