突变虫穴的入口是位于下水道左上方，一开始这里还只是一个普通的下水道排泄口，在游戏中期，玩家接受到法师的委托，跟随着任务指引，与科罗布斯对话，这里才会出现通往突变虫穴的传送点。无论是选择修复社区中心还是建造joja仓库，在任意一个路线全部完成，并触发了最终的动画后。首次进入铁路区域，就会出现与法师有关的剧情，他站在铁路右上方的洞口，向玩家诉说了有关暗黑护身符的事情。
之后来到下水道，找到位于右上角位置的科罗布斯对话，他会告诉我们突变虫穴的入口位置。突变虫穴类似玩家下矿的场景，只不过里面没有矿石资源，而是有着大量可采集的纤维。除此之外还有着成群的突变苍蝇和突变蛆，为了不出现大量突变蛆蛹化的情况，玩家需要尽快击杀周围的突变蛆。将所有怪物击杀后，再来收集周边资源也是更为安全。
突变虫穴中还有着几个可钓鱼的水池，在这里可以钓到鲤鱼以及史莱姆鱼，在鱼塘饲养史莱姆鱼会让鱼塘颜色发生变化，鱼类数量到达三条之后，鱼塘水就会变为绿色。绿色史莱姆蛋是饲养史莱姆鱼能产出的物品，它能提升较多的钓鱼经验，不过只有在鱼塘至少有九条史莱姆鱼才会有小概率产出。来到突变虫穴深处，就能找到一个宝箱，打开后就可以得到任务需求物品暗黑护身符了。
